Thomas und seine Freunde sind auf einer Baustelle beschäftigt und arbeiten an einem neuen Streckenabschnitt. Doch dann gerät Thomas in einen gefährdeten Bereich und stürzt in die Tiefe. Er landet in einer Höhle – und findet ein altes Piratenschiff! Aber auch Seemann John ist an dem Schiff interessiert – und dem Schatz, der sich darin befinden soll. Können Thomas und seine Freunde ihn aufhalten?