Die kleine Lokomotive Molly ist von der Wilden 13 – einer Piratenbande – entführt worden. Jim Knopf und sein bester Freund Lukas der Lokomotivführer müssen sie unbedingt befreien! Dafür ist ihnen kein Weg zu weit, kein Wasser zu tief und kein Berg zu hoch. Auf ihrer zweiten Reise bringen sie nicht nur Emma, die alte Lokomotive, zum Fliegen, sondern begegnen auch Drachen und Scheinriesen und lernen einen echten Meerkönig kennen, bis es ihnen endlich gelingt, die schreckliche Seeräuberbande zu besiegen.